Slovensko je domovom deviatich národných parkov, ktoré pokrývajú 6,5% jeho rozlohy. Tieto parky zahŕňajú Tatranský národný park, Nízke Tatry, Veľkú Fatru, Slovenský kras, Poloniny, Malú Fatru, Muránsku planinu, Slovenský raj a Pieniny. Každý z týchto národných parkov je jedinečný svojimi prírodnými krásami a biodiverzitou, pričom poskytujú návštevníkom možnosti na turistiku, horolezectvo, či pozorovanie fauny a flóry.

Okrem národných parkov sú na Slovensku stovky jaskýň, z ktorých 30 je sprístupnených verejnosti. Tieto jaskyne sú známe svojimi stalagmity a stalaktitmi, ktoré vytvárajú fascinujúce podzemné scenérie. Pätica slovenských jaskýň je zapísaná na zozname svetového dedičstva UNESCO: Dobšinská ľadová jaskyňa, Domica, Gombasek, Jasovská jaskyňa a Ochtinská aragonitová jaskyňa. K ďalším verejne prístupným jaskyniam patrí Belianska jaskyňa, Demänovská jaskyňa slobody, Demänovská ľadová jaskyňa a Bystrianska jaskyňa.

Slovenské rieky, z ktorých väčšina pramení v slovenských horách, tvoria dôležitú súčasť krajinného ráz. Niektoré z nich vytvárajú prírodné hranice so susednými krajinami, ako je Dunajec na severe, Dunaj na juhu, alebo Morava na západe. Najdlhšou riekou Slovenska je Váh, ktorý meria 403 kilometre, zatiaľ čo najkratšou je Čierna voda. Medzi ďalšie významné rieky patria Myjava, Nitra, Orava, Hron, Hornád, Slaná, Ipeľ, Bodrog, Laborec, Latorica a Ondava. Najväčší prietok riek na Slovensku je počas jari, keď taje sneh z hôr, pričom Dunaj vykazuje najväčší prietok v lete, keď taje sneh z Álp.